Evaluación de tramos de homocigosidad y consanguinidad genómica en bovinos Holstein de Colombia
Betancur Zambrano, Maria FernandaRincón Flórez, Juan CarlosHerrera Ríos, Ana CristinaSolarte Portilla, Carlos EugenioBedoya Berrio, Gabriel de Jesús
Los programas de selección tradicionales para ganado lechero, basados en principios cuantitativos, han funcionado bien y han permitido grandes procesos de selección en el mundo durante muchas décadas. Los objetivos de este trabajo fueron estimar los niveles de desequilibrio de ligamiento (LD) en diferentes densidades de SNPs, evaluar el tamaño efectivo de la población de ganado Holstein, caracterizar tramos de homocigosidad (ROH) distribuidas a través de ganado Holstein de Nariño y, estimar y comparar coeficiente de consanguinidad (F) basado en información de marcadores genómicos, tramos de homocigosidad (FROH), matriz de relación genómica (FGRM) y exceso de SNP homocigotos (FSNP). Después del control de calidad, el conjunto de datos utilizado estaba compuesto por 606 animales Holstein y 22200 marcadores SNP. Se utilizó el programa PLINK para identificar LD, Ne, segmentos de ROH, FROH y FSNP, FGRM se calculó con la familia de programas BLUPF90. El promedio de r2 en todos los cromosomas fue de 0.011, el r2 más alto se encontró en BTA3 (0.0323) y el más bajo en BTA12 (0.0039). Se identificaron 533 segmentos de ROH en 319 animales; los hallazgos obtenidos en este estudio sugieren que, en promedio, el 0,28% del genoma de Holstein es autocigoto. La longitud total de ROH se compuso principalmente de pequeños segmentos (ROH1-4Mb y ROH4-8Mb). Estos segmentos representaron aproximadamente el 96%, mientras que los ROH más grandes (ROH > 8Mb) representaron el 3.37% de todos los ROH detectados. Los promedios de consanguinidad de las metodologías FROH, FSNP y FGRM fueron 0.28%, 3.11% y 3.36% respectivamente. La correlación de Pearson entre estos diferentes valores de F fue: 0.49 (FROH-FSNP), 0.25 (FROH-FGRM), 0.22 (FSNP-FGRM). La distribución de las regiones compartidas de ROH identificadas en 19 cromosomas autosómicos cubre un número importante de genes dentro de estos ROH. Nuestro resultado evidenció niveles más bajos de extensión de LD [...].(AU)
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