The function of lexical motifs in the organization of the Actinomycetes 5S rRNAs

M Rodrigues-Subacius, SandraPadilla, Gabriel

Neste trabalho são apresentados resultados obtidos empleando o método linguístico para identificar sítios no 5S rRNAs de actinomicetes com significado biológico. A abordagem identificou palavras-tripletes, junto com a sequência de bases do 5S rRNAs, localizados principalmente nos domínios alfa e beta da estrutura secundária. Entre eles, existem palavras-tripletes que representam sítios de ligação de proteínas universais, que incluem importantes assinaturas procarióticas, além de sítios estrategicamente colocados em regiões críticas relacionados com a formação do complexo 5S ribonucleoproteína (RNP). Nestes sítios, onde a pressão GC promove substituições, as alterações não afetaram seu significado biológico. Sítios formados por GGY (ou mais raramente GER), jogam um papel importante como receptores de proteínas ribossomicas rpL18 e rpL5. Os dados também sugerem que ao contrário de aumentar a variabilidade molecular, esperada pela diversidade em espécies e habitats ocupados pelo grupo, GC funciona como um mecanismo para diversidade inter-específica.

1. Actinomycetes
2. GC pressure
3. pressão GC
4. análise linguístico
5. lexical motifs
6. 5S rRNA
7. linguistic analysis
8. motivos léxicos
9. Actinomicetes