Application of broad-range bacterial PCR amplification and direct sequencing on the diagnosis of neonatal sepsis

Denise Ruppenthal, Rubiade Souza Pereira, FabianaVicente Cantarelli, VlademirSilveira Schrank, Irene

Primers universais, que amplificam regiões conservadas de rDNA 23S, foram utilizados para analisar 306 amostras de cultivo de sangue obtidas de 295 neonatos com um ano ou menos de idade admitidos em unidades hospitalares de tratamento intensivo. O diagnóstico molecular baseado em seqüenciamento dos produtos de PCR foi comparado com os resultados obtidos do cultivo das amostras de sangue. Os resultados foram concordantes para 277 (90.5%) das 306 amostras testadas, incluindo 263 amostras PCR-negativo e cultura-negativa e 29 amostras cultura-positiva e PCR-positivo. Comparado com o método de cultivo, a técnica de PCR combinada com seqüenciamento, apresentou maior especificidade, 88% e 96,3% respectivamente, com valores preditivos positivos e negativos de 74,3 e 98,5% respectivamente. Concluímos que a técnica baseada em PCR utilizando amostras de cultivo de sangue, obtidas de neonatos com suspeita de sepse bacteriana, apresenta boa correlação com os métodos de cultivo convencionais. A metodologia de PCR/seqüenciamento apresenta aplicabilidade como técnica complementar para o diagnóstico da sepse neonatal. Esta metodologia fácil de ser executada fornece resultados confiáveis podendo ser recomendada para utilização no diagnóstico de amostras obtidas durante o tratamento antimicrobiano especialmente quando o resultado do cultivo permanece negativo. Apresenta, também, potencial de utilização na identificação de espécies bacterianas com problemas de classificação pelos métodos convencionais microbiológicos.

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